牛奶自然包含磷酸钙，对维持骨骼和牙齿健康，以及预防骨质疏松症很重要。由于有些人不能获得建议的每日钙摄入量，或者很难消化乳制品，磷酸钙可以作为营养补充剂帮助他们从饮食中获得足够的钙。一些麦片，面包和饮料也添加了磷酸钙帮助提高营养价值。但由于有很多不同类型的钙和磷酸盐混合物，阅读营养品标签识别安全性很重要。
在某些情况下，尽管过度使用可以导致副作用，但磷酸钙还是用于生产化肥。这很容易导致土壤和植物出现问题。
牙医也经常使用磷酸钙帮助不包含足够钙的牙齿脱矿物质，这有助于重建或加强牙齿珐琅质，预防牙齿进一步损坏。这种做法通常是直接应用于牙齿，而不是摄入体内。此外，一些牙齿保健产品也包含某些类型的磷酸钙。
磷酸钙偶尔还作为某些的稀释剂。如果不添加颜料，它会导致药品呈现浅灰色。磷酸钙提供了一种稀释内化合物强度的无害方式。
在石灰性土壤中，过磷酸钙中的磷酸一钙与土壤中的钙离子结合，转化为含水磷酸二钙、无水磷酸二钙和磷酸八钙等中间产物，大部分经水解形成稳定的磷灰石。
在酸性土壤中，过磷酸钙的磷酸离子与土壤中的铁、铝离子或土壤胶体上的代换性铁、铝作用，生成磷酸铁、铝沉淀，经水解又可生成粉铁矿，胶态磷酸铁以及各种磷铝石等，有效性差，随着时间的延长，这些磷酸盐不断老化，或在土壤氧化还原电位交替变换的条件下，形成闭蓄态磷酸盐。酸性土壤中还含有较多的氢氧化铁、铝和氧化物，如针铁矿以及黏土矿物。过磷酸钙施入后，其磷酸离子为水化铁、铝所固定，生成碱式磷酸盐，或进行阴离子交换而被吸附在土壤胶体上面。
在中性和微酸性土壤中施入过磷酸钙，有效性。pH值在6.5～7.5的土壤，磷肥施入后呈磷酸一氢离子和磷酸二氢离子存在，是对作物有效、易吸收利用的形态。
磷酸钙是中的常见成分，通常磷酸钙含量较高的风险也较大。纯磷酸钙的发生率并不高，其病因多为小管性酸。小管性酸是由于小管的酸化功能障碍所引起的一种代谢性酸。小管性酸分为四型。其中只有远端型（I型）小管性酸和近端型（II型）小管性酸会引起。该症导致形成的机制是由于酸化功能减弱，使尿PH值升高，磷酸钙在碱性环境中较易发生沉淀和析出结晶。
（1）远端型（I型）小管性酸： 原发性者多为小管有功能缺陷，呈常染色体显性遗传；继发性者见于许多疾病，其中多继发于盂和海绵。发病机理可能是由于小管氢泵功能衰竭，不能泌氢，无法在管腔液和管周液之间建立和维持一个大的氢离子梯度。由于尿液酸化功能发生障碍，使尿PH值趋于碱性。同时，由于全身性代谢酸加强了线粒体内枸橼酸的转输，致使尿中枸橼酸含量降低，这种代谢因素也是成石的重要原因之一。该症可发生在任何年龄常有阳性家族史；女性约占80%；大约70%的患者并发，临床特征是：低血钾、高血氯，虽有代谢性酸，但阴离子隙正常，尿PH值持续高于6，典型征象是的各小盏内多发性，有时可见钙化，甚至髓质。偶有皮质和钙化。